各級列車 51 列次，共 97 列次; 高鐵則是自 27 日（四）至 6 月 10 日（四）實施短期班表，由每週 845 班次再調至每週 556 班次。
台鐵減班停駛班次表如下，台鐵也表示在列車編組停駛期間，會加強檢修維護、增進安全效能。至於列車停駛受到影響旅客，台鐵局將協助退換票或改搭當日最近班次列車繼續行程；已經購票的旅客則不限搭乘區間，都能自票面乘車日起一年內，持實體車票至台鐵各車站窗口辦理退票，並免收手續費，完成網路付款未取票的車票以及臺鐵 e 訂通退票的車票，手續費會由台鐵局統計批次退款。
高鐵方面最新階段的短期班表（5/27~6/10）實施期間也將取消部分車次，高鐵同樣會針對購買遭取消車次車票且有留下聯絡方式的旅客，主動透過電子郵件或簡訊發布通知，並將依旅客需求協助辦理退票或改訂其他車次。若旅客未及於乘車前改訂其他車次，站務人員將於現場協助退換票或改搭當日最近車次繼續行程。此外，高鐵公司也將積極透過 T-Express 手機 App 簡訊推播、企業網站、車廂跑馬燈、高鐵 TGo 會員 eDM 以及車站張貼海報等方式，主動與旅客溝通各項配合防疫最新營運服務調整，敬請旅客留意相關訊息。
高鐵時刻表：連結
關於退票方面，台鐵表示各縣市實施三級警戒期間，只要旅客購票後已經領取實體車票（含便利商店紙票）者，乘車日於三級警戒期間內，不限搭乘區間，若來不及在期限內辦理退票，都能自票面乘車日起一年內，帶著實體車票到高鐵各車站窗口辦理退票（免收手續費）；此外，旅客購買去回程車票，就算單程乘車日期並不在三級警戒期間內，也可以同時攜帶去、回程車票，到車站窗口辦理退票，高鐵公司將會一併免收去回程退票手續費。
台灣高鐵也已經採用政府「簡訊實聯制」，車站售票櫃檯、自動售票機、服務台及閘門皆張貼 QR Code，敬請旅客進站乘車前及出站後，掃描 QR Code 完成實聯制登記。此外，車站內付費候車區及車廂內一律禁止飲食，旅客若因生理需求（如喝水、服藥、哺乳）需飲食者，請遵守保持社交距離規範，並應於飲/食用完畢後，儘速佩戴口罩。
高鐵公司再次呼籲旅客請務必確實的遵守防疫措施，自進入高鐵車站（含車站大廳、售票處等非付費區）就必須佩戴口罩，乘車時更必須全程佩戴口罩並配合量測體溫；連續量測 2 次額溫達 37.5℃ 的旅客，除了將勸導返家休息或就醫外，並會依傳染病防治法規定拒絕運送。
